Doğal peynir mayası, peynir yapımı sırasında sütü pıhtılaştıran, bitkisel, hayvansal ya da mikrobiyal kaynaklı olabilen asit proteazlarıdır. Mayaların aktiviteleri pH 2-5 arasında değişim gösterebilmektedir. Doğal peynir mayası üretimindeki zorluklara rağmen, peynir üretimi ve tüketiminde hızlı bir artış gözlenmektedir. Bu sebepten ötürü, peynir mayasına pıhtılaştırma yeteneği kuvvetli olmasına rağmen maliyeti düşük birtakım enzimler ilave edilmektedir. Böylece doğal peynir mayasından bahsetmek imkânsız hale gelmektedir. Bitkisel ve mikrobiyal kaynaklı doğal peynir mayası üretme üzerine çalışmalar hızla devam ettirilmektedir. Genetik mühendisliğindeki önemli gelişmeler sayesinde doğal peynir mayası üretiminde ilerlemeler sağlanmıştır.

Bitkisel kaynaklı doğal peynir mayası, bitkisel kaynaklı enzimlerin çoğu peynir mayası olarak kullanılma özelliğine sahiptir. Bu enzimler bitkinin sap, yaprak, çiçek, tohum, kök ve gövdesinde bulunabilir. Bitkisel kaynaklardan elde edilen doğal peynir mayası ile yapılmış peynirin peynir altı suyunda serbest azot oranı oldukça düşüktür. Ayrıca peynirler daha sert ve sakız kıvamında olabilmektedir.

Hayvansal kaynaklı doğal peynir mayası, hayvansal kaynaklarda bulunan kimozin ve renin enzimi peynir yapımında doğal maya olarak uzun süredir kullanılmaktadır. Süt emen buzağı, koyun ve keçi yavrularının dördüncü midesi adı ile bilinen şirden elde edilir. Ayrıca manda, tavuk, tavşan ve domuz gibi hayvanlarda da bu enzim bulunmasına rağmen, diğer hayvansal proteazların mevcudiyeti nedeniyle istenen sonuçlar alınamamaktadır. Buzağı kaynaklı peynir mayası rennin adı verilen enzimi içerir. Geleneksel ve doğal peynir mayası olup uzun süredir kullanılmaktadır. Doğal peynir mayası hazırlamak için temizlenen ve kurutulan şirden, küçük parçalara ayrılarak tuz çözeltisi içerisinde işleme tabi tutulur. Enzim stabilitesi için ortam pH'ı 5 - 5.5 olarak ayarlanır. Daha sonra enzimli çözeltisi temizlenir, partiküller ayrılır ve böylece bakteri sterilizasyonu da sağlanmış olunur. Peynir sanayiinde doğal peynir mayası rennin olarak bilinmektedir. Örneğin doğal peynir mayası için buzağı renneti, mikrobiyal rennet, bitkisel rennet gibi isimler de kullanılmaktadır.

Peynir üretiminde mikrobiyal kaynaklı doğal peynir mayası kullanımı da tercih edilmektedir. Ancak proteolitik enzimlerin kullanıldığı peynirlerde erime, acı aroma gibi durumlar ile karşılaşıldığından, mikrobiyal enzimlerden fungal kaynaklı enzimlerin kullanılması tercih edilmiştir. Mikrobiyal kaynaklı peynir mayalarında daha fazla saflaştırma işlemi uygulanması gerekir. Çünkü fermentasyon sırasında istenmeyen enzimler de ortaya çıkabilmektedir. Bu durumda da doğal peynir mayası özelliği kaybolmaktadır.

Doğal peynir mayasının kullanımı, çeşitli avantajlar sunmaktadır:

Doğal peynir mayası üretimi ve kullanımı üzerine yapılan araştırmalar, gelecekte daha da önem kazanacaktır. Genetik mühendisliği ve biyoteknoloji alanındaki ilerlemeler, daha verimli ve maliyet etkin doğal peynir mayası üretim tekniklerinin geliştirilmesini sağlayacaktır. Ayrıca, tüketici bilincinin artmasıyla birlikte doğal ve organik ürünlere olan talep de artacaktır. Bu nedenle, doğal peynir mayası üretimi ve kullanımı, peynir endüstrisinde önemli bir rol oynamaya devam edecektir.